Kota Jayapura telah sejak lama bersentuhan dengan dunia luar. Hal ini ditunjukkan dengan adanya orang-orang luar yang pernah singgah di tanah Papua ini adalah orang Spanyol yang pernah mengarungi samudera dan bersentuhan dengan orang-orang Indonesia pada umumnya dan orang-orang Irian pada khususnya. Sejarah arung samudera telah mencatat secara baik seseorang berbangsa Spanyol bernama YNICO ORTIS DE FRETES. Dengan kapalnya bernama “SAN JUAN“ pada tanggal 16 Mei 1545 berangkat dari Tidore ke Mexico. Dalam perjalanan Ortis de Fretes tersebut tiba disekitar muara sungai Mamberamo pada tanggal 16 Juni 1545 memberikan nama NOVA GUINEA kepada orang-orang dan tanah Papua atau Irian Jaya.
Sesudah Ortis de Frets menyusul lagi pengarung-pengarung samudera yang lain antara lain ALVARO MEMDANA DE NEYRA (1567), ANTOMIO MARTA (1591–1593), dan lain-lain. Dapat disimpulkan bahwa orang-orang Spanyol-pun pernah ada kontak dan sentuhan dengan penduduk di Jayapura dan sekitarnya.
Selanjutnya Besleit (Surat Keputusan) Gubernemen Hindia Belanda Nomor 4 tanggal 28 Agustus 1909 kepada Asisten residen, di Manokwari diperbantukan 1 detasemen (4 Perwira + 80 tentara). Dalam surat keputusan tersebut antara lain tertera (dalam bahasa Belanda) diterjemahkan ke dalam Bahasa Indonesia.
Sebagai lanjutan dari pelaksanaan surat keputusan ini, maka pada tanggal 28 September 1909 kapal “EDI” mendaratkan satu detasemen tentara dibawah komando Kepten Infanteri F.J.P SACHSE, segera dimulai menebang pohon-pohon kelapa sebanyak 40 pohon, tetapi segera pula pembayaran ganti rugi harus dilakukan kepada pemiliknya seharga 40 ringgit atau 40 * f 2,50 = f 100,- (seratus gulden / rupiah). Suatu jumlah uang yang sangat besar waktu itu – 1910 seorang ahli lain bernama KIELICH menulis ”Hollandia kostte vierting (40) rijk daalders“ Jayapura harganya 40 ringgit atau f 100,- (seratus gulden / rupiah). Berdirilah kompamen pertama yang terdiri dari tenda-tenda, tetapi segera diusahakan untuk mendirikan perumahan-perumahan dari bahan sekitar tempat itu.
Penghuni-penghuni pertama terdiri dari 4 Perwira, 80 anggota tentara, 60 pemikul, beberapa pembantu dan isteri-isteri para angkatan bersenjata ini, total keseluruhan berjumlah 290 orang. Ada 2 sungai masing-masing Numbai dan Anafri yang menyatu dan bermuara di teluk Numbai atau Yos Sudarso, dengan sebutan populer muara sungai Numbai. Sungai Numbai - Anafri mengalir melalui satu ngarai yang berawa-rawa penuh dengan pohon-pohon sagu dan bermata air di pegunungan Cycloop. Karena Patroli perbatasan Jerman memberi nama ’Germanihoek” (pojok Germania/Jerman) kepada kompamennya, maka Kapten Sachse memberi nama “HOLLANDIA” untuk tempat mereka/Belanda.
Hari jadi Hollandia/Jayapura dilukiskan sebagai berikut : “Pada hari itu 7 Maret 1910 cuaca buruk tetapi suasana diantara penghuni eksplorasi detasemen sangat baik. Keempat brigade berkumpul dalam sikap upacara sekeliling tiap bendera dengan pakaian yang rapih dan bersih serta dengan kancing-kancing yang berkilat. Kapten/Sachse berpidato mula-mula dalam Bahasa Belanda, kemudian dalam Bahasa Melayu dengan penuh semangat. Sesudah itu dia memberi komando : “Dengan nama Ratu naikkan bendera! Semoga dengan perlindungan Tuhan tidak akan diturunkan sepanjang masa”. Segera setelah bendera berkibar semua kelewang atau sangkur disentakkan dari sarungnya dan terdengar teriakan “Hura-hura-hura”. Lahirlah Hollandia/Jayapura tanpa rumah bersalin, dokter, dan bidan suster pada pagi hari itu.
Dengan demikian hari jadi kota Jayapura sejak 7 Maret 1910. Timbul pertanyaan mengapa nama asli lokasi BAU O BWAI (bahasa Kayupulo), secara populer NUMBAI diganti HOLLANDIA ? pemberi nama Hollandia adalah seorang Belanda-Kapten Sachse, tidak mau tahu dan tidak minta persetujuan pemilik tanah lokasi itu.
Apa arti Hollandia ? Hol = lengkung; teluk, land = tanah; tempat. Jadi Hollandia artinya tanah yang melengkung atau tanah / tempat yang berteluk. Negeri Belanda atau Holland atau Nederland – geografinya menunjukkan keadaan berteluk teluk. Georgrafi kota Jayapura hampir sama dengan garis pantai utara negeri Belanda itu. Kondisi alam yang lekuk-lekuk inilah yang mengilhami Kapten Sachse untuk mencetuskan nama Hollandia di atas nama asli Numbay. Numbay ditimpa atau diganti nama sampai 4 kali ; Hollandia-Kotabaru-Sukarnopura-Jayapura, yang sekarang dipakai adalah “JAYAPURA”.
Irian Jaya definitif kembali ke Indonesia 1 Maret 1963. Sejak 1 Mei 1963 sampai sekarang (2005) sudah 42 tahun berlalu. Banyak sekali kemajuan dan perubahan yang terjadi di Irian Jaya. Kabupaten Jayapura terjadi perubahan dibidang pemerintahan. Ibukota Kabupaten Jayapura dimekarkan menjadi kota Administratif (kotif) Jayapura. Berdasarkan Peraturan Pemerintah RI No. 26/1979 tanggal 28 Agustus 1979 tentang pembentukan Kota Administratif Jayapura, maka dengan ketentuan pelaksanaan Permendagri No. 5 tahun 1979 dan Instruksi Mendagri No. 30 tahun 1979, Kota Jayapura pada hari Jumat, 14 September 1979, di resmikan sebagai Kota Administraratif oleh Bapak Haji Amir Machmud, Menteri dalam Negeri Republik Indonesia. Pada hari yang sama dilantik Drs. Florens Imbiri sebagai Walikota Jayapura oleh Bapak Haji Soetran, Gubernur KDH. Tingkat I Irian Jaya. Lokasi peresmian Kotif Jayapura adalah halaman kantor Dharma Wanita Propinsi Irian Jaya, Jl. Sam Ratulangi Dok 5 Atas.
Jadilah kota administratif yang pertama di Irian Jaya, dan yang ke 12 di Indonesia, Walikota Adminstratif pertama Drs. Florens Imbiri 1979 - 1989, Walikota Administratif kedua Drs. Michael Manufandu, MA 1989-1993. Berdasarkan UU No. 6 tahun 1993, Kota Adminstratif Jayapura menjadi Kotamadya Dati II Jayapura oleh Bapak Mendagri Yogie S.M betempat di lapangan Mandala Jayapura. Pada hari yang sama dilantik Drs. R. Roemantyo sebagai WaliKota KDH. Tingkat II Jayapura.
WaliKota KDH. Tingkat II Jayapura menyusun dan melengkapi aparat, dinas otonom, dan dinas vertikal serta membentuk DPRD Kota, sesuai UU No, 5. tahun 1974 WaliKota KDH Tingkat II Jayapura dipilih oleh DPRD Kota dan terpilih Drs R. Roemantyo sebagai WaliKota yang definitif periode 1994/1995-1998/1999. Sekretariat Kota untuk pertama kali berkantor di Yoka menempati eks kompleks APDN di pinggir Danau Sentani. Setelah kantor baru berlokasi di Entrop selesai dibangun, pada bulan Juli 1998 kantor pindah ke Entrop di Jln. Balai Kota No. 1 Entrop Distrik Jayapura Selatan.
Tongkat estafet pembangunan dilanjutkan oleh Bapak Drs. M. R Kambu, M.Si sebagai Walikota Jayapura dan J.I Renyaan, SH sebagai Wakil Walikota Jayapura periode 1999/2000 – 2004/2005. Untuk pertama kalinya pada tahun 2004-2005 dalam sejarah demokrasi di Indonesia pada umumnya dan Kota Jayapura pada khususnya dilakukan pemilihan kepala daerah secara langsung oleh rakyat, dimana masyarakat Kota Jayapura masih memberi kepercayaan kepada Bapak Drs. M.R Kambu, M.Si sebagai Walikota Jayapura dan Sudjarwo, BE sebagai Wakil Walikota Jayapura periode 2005-2010.
